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清军入关，平定燕京地区，河北地区和中原地区后，迅速挺进江淮地区占领扬州，渡过长江统一江南和岭南等中国传统领土。
随后，清军平定云贵之战，平定三藩之乱，消灭吴氏伪政权统一中国的最后一场大战爆发了。
清康熙十九年(1680)，清帝玄烨以蔡毓容为绥远将军，总统诸路绿旗兵水陆并进，自沅州（今湖南沅陵）入贵州，与大将军贝子彰泰所率满洲兵会师，攻镇远卫关，尽毁吴世璠军营垒。吴军退走，清军追击至偏桥卫，又大败之，遂克镇远。吴世璠将夏国相等以2万人屯平远西南山，分兵据守江西坡天险，并布置象阵阻击清军，清军进攻不利，两天后，清军再次进攻，吴军不支，国相弃险退走。清军进克贵阳，连下安顺、石阡、都匀、思南诸府，大败吴世璠于永宁，贵州平定。彰泰统帅诸路满、汉兵40万自贵州入云南，渡盘江，破吴军于沙子哨，进至腊茄坡，复新兴所，克普安。平南大将军赖塔亦督满、汉诸路军自广西入云南，经田州、泗城、西隆进军，连败吴军，进至距安龙30里之石门坎。吴部将何继祖拥众在石门坎凭险拒守。二十年元旦，清军乘吴军不备，猛攻石门坎，前后夹击，吴军仓促应战，腹背受敌，不支退走。清军夺其隘口，复安龙所。何继祖与詹养、王有功等以2万人守黄草坝，赖塔督诸军奋力进攻，激战数日，破吴军营垒22座，俘詹养、王有功及其部下千余人，获象、马辎重甚多，遂进军曲靖，与彰泰军在嵩明州会师，合围云南省城昆明。吴世璠、胡国柄、刘起龙、郭壮图等以万人距城30里列象阵迎战。彰泰、赖塔左右夹击，吴军拼死决斗，五却五进，象群忽反践吴军于金汁河，阵地混乱，清军乘机突击，吴军溃退。清军追击至城东归化寺，自寺西至碧鸡关连营作长围数十里。吴军尺移诸将家属于王华山，空城分门防守，从水道运输，与清军相持数月。临安“今云南建水”、永顺、姚安、大理等诸路总兵相继降清。吴世璠急令马宝、胡国柱自四川，夏国柱自广西回救云南。彰泰遣兵迎击。马宝至姚安降，胡国柱走云龙州。希福破云龙州，胡自杀。夏国相走广西，李国栋围之于面板桥，国相亦降。吴世璠割地乞师于达赖喇嘛，收余众固守。九月，赵良栋军自四川克雅州复建昌，渡金沙江至云南， 与彰泰军合攻昆明。世璠出城应战，败于桂花寺。赖塔军以巨炮轰城， 日夜不息，世璠部将余从龙降清。城中食尽援绝，世璠众内乱，欲擒世璠降清，世璠、郭壮图自杀，其将何忠出降，云贵平定。
1683年清军占领台湾，消灭明郑朝廷之后，标准着清军对明朝的战争结束了。
明朝残余全部剿灭后清军进行了十几年的休整，清康熙三十五年（1696年）清朝对蒙古的莫多之战爆发，清军在昭莫多以伏击大败卫拉特蒙古准噶尔军的关键一战，昭莫多之战是清军击败噶尔丹军的关键一战。
蒙古准噶尔部首领噶尔丹自乌兰布通之战败归后，在科布多重整旧部，又从沙俄处购买枪炮，经过几年经营，逐渐恢复元气。康熙三十四年（1695年），噶尔丹再次发兵2万攻打喀尔喀蒙古，随后沿克鲁伦河一路东犯，进抵巴颜乌兰（今蒙古国温都尔汗西）。当年11月，康熙决定再次亲征讨伐，彻底解决漠西蒙古之患。按照康熙的进军计划，清军一共兵分3路：黑龙江将军萨布素率东路军9000人，出兴安岭沿克鲁伦河西进；抚远大将军费扬古、振武将军孙思克率西路军4.6万人，分别自归化（今内蒙古呼和浩特）、宁夏等地出兵，沿翁金河北上断其退路；康熙亲率中路军3.4万人，出独石口（今河北沽源南），经克鲁伦河上游北上。一切布置停当后，激战半日，准噶尔军未能冲破战阵。噶尔丹腹背受敌，全军崩溃瓦解，其妻阿努被火枪打死。清军趁夜追杀30里，至特勒尔济口方收兵，一路斩杀3000余人，收降千余人，俘获牲畜6万余头，噶尔丹仅率数十骑逃走。于次年5月3日服毒身亡。
从此，噶尔丹势孤力穷，历时近10年的叛乱终于得以平定。喀尔喀地区重新统一于清朝。噶尔丹在漠北以逸待劳，形势原为有利；清军劳师远袭，形势原本不利，但交战结果，清军却大获全胜。这一胜一负，双方在作战方面均有其深刻的经验教训。
征服蒙古势力，控制漠北和西域后，清朝征服西藏的战争打响，清安定西藏之战是康熙五十六年（1717年）至五十九年（1720年），清军击败占扰西藏的准噶尔部，征服西藏的重要战争。
康熙二十一年，西藏五世达赖喇嘛罗桑嘉措逝世，第巴桑结嘉措秘不发丧，窃据重权。十五年后，即康熙三十六清廷才发现这一阴谋。同年十月，册封六世达赖喇嘛仓央嘉措，仍由桑结嘉措任第巴，管理政务。统治西藏的另一政治势力代表为准噶尔和硕特汗。
康熙四十年，和硕特拉藏汗继位。为争夺西藏大权，拉藏汗与桑结嘉措的矛盾日益激化，终于引发出一场军事冲突。康熙四十四年七月，桑结嘉措兵败被杀，拉藏汗控制了西藏。拉藏汗经清廷批准，选立益西嘉措为六世达赖喇嘛。然而，青海各蒙古台吉另选立里塘（今四川理塘）的噶桑嘉措为六世达赖。于是，双方发生真假达赖之争，实际上反映出各派政治力量的激烈斗争。
康熙四十八年，康熙帝派户部侍郎赫寿到西藏，协同拉藏汗处理西藏政务，此为设置驻藏大臣之始。四十九年，清廷正式册封拉藏汗选立的益西嘉措为六世达赖喇嘛。五十五年，年又将青海众台吉选立的噶桑嘉措安置在塔尔寺（今青海湟中）。历经多年的真假达赖之争，表面上告一段落，实际上激流暗涌。准噶尔部首领策妄阿拉布坦乘噶尔丹与清军作战时，迅速发展力量，又因从征噶尔丹有功，被清廷信任，清廷将噶尔丹的部众全部交给他，并准其在阿尔泰山以西地区游牧。准噶尔遂发展为西域大部落。准噶尔部与和硕特部素有矛盾，策妄阿拉布坦对和硕特部拉藏汗控制西藏早就心怀不满，见拉藏汗与青海诸台吉为真假达赖争论不已，便决意趁机出兵。策妄阿拉布坦先娶拉藏汗之姐为妻，又赘拉藏汗之子为婿，使拉藏汗放松对他的戒备。
康熙五十四年，策妄阿拉布坦犯掠哈密，企图打通由新疆东部经青海入藏的道路。康熙帝立即命将军富宁安带兵前往拦截；征喀尔喀蒙古兵集结在归化城（今内蒙古呼和浩特），准备出击；命右卫将军费扬固总理军务。当年八月，富宁安率军到达巴里坤。策妄阿拉布坦将哈密等地劫掠一空而去。应富宁安建议，清军在哈密、巴里坤等地募兵屯田，以备边警。清廷另命青海诸台吉选调兵马，屯于噶斯湖畔（今青海油砂山西南），阻断由青海入藏之路。策妄阿拉布坦见清军于东面加强防御，便决定由西面入藏，即由伊犁（今新疆伊宁）经阿克苏、喀什噶尔、叶尔羌（今新疆莎车）、和阗（今新疆和田）等地，绕沙漠，翻雪山，进入西藏。
康熙五十五年十月，策妄阿拉布坦以护送拉藏汗之子噶尔丹丹衷夫妇回藏省亲为名，派大策零敦多布等率6000兵，向西藏进发。他们昼伏夜行，于次年七月到达西藏北部的纳克产（今西藏奇林错东南，加林错东北）地区，顺利通过腾格里海天险，直趋达木（今西藏当雄）。防守达木的藏军与准噶尔兵发生激烈战斗。拉藏汗正欲亲自往达木迎接亲人，却得知达木已成为战场，便仓猝调集军队，在达木一带阻击敌人。双方于达木相持两个月后，藏兵抵挡不住，于十月八日退至拉萨。
十月三十日深夜，大策零敦多布围攻拉萨，第二天，攻入城内，杀死拉藏汗，拘押达赖喇嘛，抢掠各庙宇，将贵重物品运回伊犁。策妄阿拉布坦授意大策零敦多布，在西藏组成以达克咱（即达改哇·拉嘉热丹）为第巴的亲准噶尔政权。
在策妄阿拉布坦派兵进藏之初，康熙帝判断其很有可能与拉藏汗联兵，进攻青海，因而着力加强青海的防御。康
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