权和殖民权，英国阵营与西班牙阵营的矛盾变得越来越尖锐，在1585年至1604年之间，爆发了英西战争（英语：Anglo-Spanish War；西班牙语：Guerra anglo-española），这次战争西班牙帝国与英格兰王国之间未经正式宣战，发生了多次间歇性冲突。该战争由多场大范围战役组成，起于1585年英国与荷兰签订楠萨奇条约，建设荷兰海军，拥护荷兰抵抗西班牙的入侵和统治。
1587年英国海军陆战队占领位于西班牙半岛西南沿海的加的斯，控制地中海与大西洋的航线通道——直布罗陀海峡。
1588年，在格拉沃利讷海战中，英国舰队击退西班牙无敌舰队，格拉沃利讷海战是西班牙为了消灭英国舰队和英国本土，争夺大西洋北部海域及航线而爆发的海战。
1589年，在科伦纳·里斯本远征战中，英国败北，英西战争情势逆转。科伦纳·里斯本远征战是英国发动的企图占领西班牙北部港口、西班牙及葡萄牙大西洋沿岸港口，消灭西班牙无敌舰队，全面入侵和占领西班牙的大规模军事行动。但是由于英国战争准备不足，战线太长，而导致战争失败，给西班牙获得喘息机会，重振海军实力。
1591年，英国为了完全控制大西洋航线，发动了夺取西班牙和葡萄牙占领的亚速尔群岛，爆发弗洛雷斯海战。最终，由于西班牙舰队装配先进火炮，导致英国战败，西班牙守住了亚速尔群岛，西班牙无敌舰队再现雄风。
1595 年至1596年西印度群岛远征战又称“灾难性的1595-1596年远征”（英语：the disastrous 1595–96 expedition）。这是英西战争的期间英国对西班牙发起的一次大型军事行动。英国在1595年从法国撤出军队后的三年里，又连续发动了三次与西班牙的大规模海上战争。首先出台的是德雷克的美洲冒险计划。他企图占领巴拿马地峡，认为，如果这一目标实现，西班牙的整个美洲运输线将被迫中断。但是，1595年7月，两条情报传到英国，其一是一支西班牙舰队将在冬季前驶向爱尔兰，其二是比1588年更强大的一支无敌舰队将在1596年6月或7月进攻英国。因此，伊丽莎白下令改变德雷克的行动计划，首先应当像1587年那样尽最大努力在西班牙海岸摧毁无敌舰队的船只，然后才能驶向西印度，并且，必须保证在1596年5月前回到英国。这一计划遭到德雷克等人的强烈反对，他们声称，如果计划改变，伊丽莎白女王将负担一切费用，包括船只、供应、步兵和水兵的薪饷。女王不得已于8月批准德雷克的计划，船队由6艘王家船只和13艘商船组成，女王负责2/3费用，其它由总指挥德雷克和霍金斯及支持者承担。由于德雷克与霍金斯间的争吵以及德雷克指挥上的失误，远航没取得任何收获，两人都病死在途中。
1597年的埃塞克斯-罗利远征（英文：Es***-Raleigh Expedition 或 Islands Voyage）这次远征发生于1597年6月至8月。
1596年10月下旬，西班牙国王腓力二世乘英国海防空虚之机派出第二支无敌舰队进攻英国。但是，这支船队在比斯开湾遭到秋季飓风的袭击损失惨重。剩余船只被迫回到费罗尔港。英国又一次面临着1588年无敌舰队残余回到西班牙后的那种形势。像那时一样伊丽莎白和财政大臣威廉·塞西尔把消灭其残余视为头等大事。塞西尔写到：“我认为没有任何事情比组织远征，消灭在费罗尔的西班牙军队更为必要。”到1597年夏，又一支英国远征队组成。关于这次远征的目的，女王6月15日的指示十分明确。首先是摧毁在费罗尔的西班牙舰队，这一目的一旦实现“在一个相当长的时间内,我们就不必担心来自他的威胁，如果费罗尔的舰队已经出航，埃塞克斯必须尾随其后,并最终消灭之。完成这一任务后，埃塞克斯可以去亚速尔群岛拦截来自美洲的运银船，但必须在冬季前回到英国。”
然而远征指挥官们仍把获取利润作为首要目的，直接驶向亚速尔。这次远征失败后，伊丽莎白结束了官方参与的海上冒险活动。同时命令舰队今后不得离开本国沿海海域。
针对英国新教徒使用私掠船攻击西班牙和葡萄牙的商船行为，西班牙君主通过敦刻尔克私掠船发起反击造成新教徒航运的惨重损失。
这两次远征战英西双方各有胜负，从1590年年起英西战争走入僵局。
1602年，英国与荷兰通过多佛海峡海战一度获取英吉利海峡乃至欧洲西部海域的主导权并持续两年。
1601年至1604年，西班牙军队围攻英何战略要冲城市奥斯坦德（今比利时西佛兰德省西北部城市），展开欧洲历史上最残酷和血腥攻城战，经过三年的围攻，英荷联军最终投降，西班牙军队拿下了这座城堡，使英荷西三方都想结束战争，回到和平。
1604年由西班牙腓力三世与新任英格兰国王詹姆斯一世代表签订伦敦条约后，英西战争画下句点。
西英协议分别停止对爱尔兰与尼德兰的军事介入，且英方放弃在公海上的劫掠行为。缔约两方皆有达成部分目标，战后西班牙重获欧洲西部海域优势。条约整体有利于西班牙。但整起战争过程对两国财政都造成了相当程度的负担，而英国则进入40年的萎靡期。
在这次战争中，虽然英国和英盟阵营失败了，但是作为世界的新兴力量，英国和英盟在文化、经济、科技和战斗力等方面表现出强大的生命力和创造力，这场战争为英国和英盟称霸全球奠定了坚实基础。