辆大巴和一辆货车相撞。询问才知道，这是发生在三个小时之前的事情。而且这个车祸发生的地点距离发现真夜的那个天桥非常的近。
柯南又一个猜想。
真夜在酒店前做了大巴，在天桥附近发生车祸，然后收到了惊吓而失去记忆，最后沿着天桥走了过来。应该是这样没错。
而得到这个结论的柯南将真夜以及小五郎带到了车祸现场来。
来到车祸现场的真夜确实也想起了一部分的记忆。不过仅仅只是遭受车祸之后的记忆，之前的记忆依旧无法回忆起来。
正好这时和发生车祸的同一个班次的巴士开了过来。于是五人决定坐上巴士，看看坐上巴士之后，真夜能不能想起自己原先要去的目的地。说不定看到目的地之后，会想起什么也说不定。
但是，一个一个的站台过去了，真夜依旧回想不起来任何记忆。
就在大家打算放弃的时候。真夜看到窗外的圆形建筑。忽然站起来说道。
“就是这里，我本来是要在这里下车的。”
听到这个消息，几人便就此下车，沿着路边走动，希望真夜能回想起新的记忆。
当大家经过一栋还在施工的大厦的时候，忽然从楼顶掉落一个巨大的水泥块，险些砸到大家。
翊斌望着站在楼顶看着他们的男人。目露凶光。
趁人不注意，念力控制一把消音手枪飞到一个阴暗的巷子了，朝屋顶的男人开了一枪。
众人之听到一声轻微的响声，就看到屋顶的男人呢朝后倒去。
看到这个情况，小五郎和柯南立刻朝屋顶跑了过去。
柯南本来是然跟小兰看着真夜的。但是真夜却趁小兰一个不注意一个人跑掉了。
只不过翊斌悄悄的跟在了后面而已。
翊斌跟着真夜来到一个名叫《最后的晚餐》的餐馆。
翊斌打开餐馆的站在门口，看见真夜正拿着一张小五郎的照片以及一些小五郎的资料。
“哦？原来你是杀手小姐啊。橘。真夜！”
发现翊斌的真夜立刻从项链中拉出细细的钢丝，做出了战斗的准备。
“既然如此的话，那就不用留手了。”
真夜忽然看见一把小樱手枪飘在她的面前指着她的脑袋。
“再见了。”
真夜还没有来得及做出任何动作，就感觉自己的额头受到了重击，然后就失去了感觉。
翊斌扔了一张“黑水晶”卡片在真夜的身上。便离开了名叫《最后的晚餐》的这个餐馆。
柯南、小五郎和小兰一起跑到了屋顶，之发现了一名头部中弹的络腮胡男子倒在地上。
去掉络腮胡男子的伪装后，发现就是那名昨天越狱的杀人犯汤田。
而柯南想起了之前那一声轻微的声响，意识到那应该就是装有消音器的枪声。
但是当他会到马路寻找的时候，只在一个小巷子中找到一个九毫米子弹的弹壳。
毛利小五郎通知了警察。目暮警官带人来讲汤田的尸体带走。
警方最后在那间《最后的晚餐》餐馆中找到了真夜的尸体。并确认了其杀手的身份。
发现真夜的实体后，小五郎等人也来到了那间门牌号为7-13，名为《最后的晚餐》的餐馆。
得知真夜杀手身份的柯南，将所有的线索串联了起来。得出了最后的结论。
汤田和真夜早就认识了。而且，真夜就是汤田越狱后，请来杀毛利小五郎的杀手。只不过，他们在暗杀毛利小五郎的时候，自己也成为了神秘杀手“黑水晶”的目标。而且，他们在还没有得手的时候，就被“黑水晶”先一步杀害。
但是。神秘杀手“黑水晶”为什么要杀害他们呢？这一个疑问则一直困扰在柯南的脑海中。