爆炸，在太平军炮台上溅起团团火光，让太平军炮手如同身处铁火地狱，伤亡数字迅速上升。
当然，太平军的炮手也在奋勇开炮还击，但是他们既没有接受过专业培训，不懂校正炮位和调整射角，又是站在固定地点打水上的移动靶，命中率自然低得相当可怜，所谓的还击根本起不到任何效果，开炮射击能够起到的最大作用，还只是让吴军炮手可以看到他们的炮位所在，更加准确的轰击他们的火炮位置。
“快开炮！开炮！”
“妖兵的炮弹来了，快趴下！”
“啊！救命啊！我的腿！我的腿！谁来救救我！”
“炸炮！快躲！躲！”
类似的惨叫声一直在太平军的炮台上回荡，慌乱的太平军炮手也一直在烈火硝烟中奔走逃避，而当吴军蒸汽炮船调整船位，开始用船舷处的后膛炮打出苦味酸炮弹后，太平军炮手的绝望惨叫也随之达到了顶点，“妖火炮弹！妖火炮弹来了！快想办法躲！快想办法躲啊！”
苦味酸的坑爹燃烧效果坑苦了露天作战的太平军炮弹，也几次引燃了太平军炮手正在装填的火药，造成二次爆炸，也造成了好几门的太平军火炮殉爆，炮击才半个多小时，太平军的火炮就已经哑火近半，炮手的伤亡更是惨重无比，逼得梁凤超只能是早早就动用轮换炮手，可惜这么做却依然起不到任何作用，相反还只是让太平军的炮手死得更多更快。
炮击一个多小时后，九洑洲太平军的西南炮台基本变成了一片残垣废墟，三十多门火炮只剩下五六门还在偶尔开炮，到处都是烈火浓烟，也到处都是伤兵和尸体，再也无法起到拦截作用。吴军水师也这才从容东下，开始向着九洑洲的沿江阵地倾泻炮火，被梁凤超逼着提前进入阵地的太平军傅正纲所部士卒被炮火覆盖，伤亡迅速上升，傅正纲也开始破口大骂，一骂梁凤超麾下的炮手无能，二骂梁凤超不肯听自己的正确意见，导致自己的军队白白挨吴军炮打。
吴军炮船顺江而下，目标当然是躲藏在九洑洲北航道出水口处的太平军水师大船和运输船，结果保护出水口的太平军炮台虽然比入水口炮台多支撑了一点时间，却还是在短短两个小时内就被吴军的猛烈炮火轰成了一片废墟，躲在炮台后方的太平军船队别无选择，只能是仓促逃进狭窄的九洑洲北航道中，期间船乱人乱互相碰撞，多条船只倾翻沉没或者搁浅，也有许多被太平军强征来的民间水手乘机逃命，然后还密密麻麻的拥堵在狭窄水道中，彻底失去机动力只能被动挨打。
对太平军水师来说还好，九洑洲的北航道实在过于狭窄，吴军的大型战船不敢随随便便就冲进来追杀，所以水师船队逃到了吴军战船的炮火范围之外后，吴军水师也就暂时没了办法对付太平军的船队，受命统率太平军水师的梁凤超也长长松了口气，擦着冷汗说道：“还好，还能保得住船队。”
梁凤超实在太低估了一些吴军水师的疯狂和嚣张，把太平军船队逼近了九洑洲北航道中，吴军那两条小型铁壳蒸汽炮船突然掉头回航，回到了九洑洲北航道的入水口处与后军会合，然后在两条红单船、四十条军用舢板和二十条斥候快船的簇拥保护下，一条小型铁壳蒸汽炮船竟然毫不犹豫的冲进了狭窄的九洑洲北航道，先声夺人对着躲藏在北航道中的太平军水师小船猛烈开火。
“妖兵的火轮船竟然敢冲进来？！”
失声惊叫的同时，梁凤超又马上明白自己的机会可能来了，除了命令水师小船迎上去打近舷战外，又火速派人与傅正纲联络，要求傅正纲赶紧派军队上前，帮助自军水师小船对付冒险冲进狭窄水道的吴军船只。而傅正纲也还算有点大局观，即便明知道这么打肯定伤亡不小，却还是派遣军队冲到九洑洲的北岸，对着吴军船队开枪开炮。
九洑洲大战也因此进入了白热化，在带队将领的逼迫下，火力薄弱的太平军小船如同飞蛾扑火一般，嚎叫呐喊着摇噜划桨冲向吴军大船，妄图近舷纵火焚烧吴军的蒸汽炮船和红单船。负责保护大船近舷的吴军舢板也毫不犹豫的迎上，以火枪和手雷迎战来敌，狭窄的水面上枪来炮往，厮杀得不可开交。
再接着，傅正纲所部的太平军也冲到了九洑洲岸边开始加入战斗，但是很可惜，列队开枪的太平军士兵却马上遭到了吴军舷炮的猛烈轰击，红单船的实心炮弹和蒸汽炮船的苦味酸炮弹呼啸轰鸣，不断砸进太平军人群中，带去满天血浪，也炸出朵朵血花，太平军士卒鬼哭狼嚎，队形迅速大乱。
与此同时，吴军蒸汽炮船的大口径船首炮也在对一直着太平军的浮桥开火，结果靠着吴军炮手的精湛技术和短距离射击的命中率加成，第一道太平军浮桥迅速断裂落水，接着第二道浮桥也被吴军蒸汽炮船二十四磅炮弹直接命中，直接炸得粉碎，守卫在桥上的太平军士兵落水不断，惨叫着飘得到处都是。
更狠的还在后面，随着太平军小船的不断密集，之前一直躲在军用舢板后方的吴军快船突然出手，带着袅袅青烟冲进了太平军船队的密集处，船上的吴军水手抢先跳水逃命，太平军水师的士兵发现情况不妙也赶紧跳水，却还是改变不了吴军快船冲进他们的船队密集处爆炸的后果，吴军水师只动用了一条满载达纳炸药的蚱蜢快船，就炸沉炸翻了近二十条太平军的小船，吴军舢板船队所蒙受的压力也随之大减。而再接着，又有两条吴军快船冲向敌人船群爆炸，又炸沉炸翻了更多的太平军小船，太平军小船船队彻底大乱，更加无法对吴军大船形成威胁。
第三道和第四道的太平军浮桥被吴军轰断后，另一条吴军铁壳蒸汽船也在之前同样数量的小船保护下冲进了九洑洲北航道，一前一后义无反顾的冲击太平军的浮桥，之前布置在北航道中的太平军小船船队则早已在激战中元气大伤，不但再没力量阻拦，相反还被吴军水师生力军的撵着打追着砍，被迫逃向两岸，船只倾翻士卒落水不断，防御力极强的吴军铁壳蒸汽船则是势如破竹，不断以大口径的船首炮轰击敌人，逐条捣毁太平军的水上浮桥，切断九洑洲太平军和北岸的直接连续。
吴军水师的疯狂战术彻底惊呆了九洑洲太平军，也彻底粉碎了梁凤超还想保全船队的美梦，为了不让拥挤在一起的太平军船队被吴军一把火烧光，梁凤超只能是乘着上游杀来的吴军船队暂时还被浮桥阻拦，赶紧命令自军船队冲出北航道逃往下游，尽力保全船只——没了船，九洑洲太平军就是想逃回两岸都难。同时梁凤超又赶紧派人南下去和李秀成联系，明确告诉李秀成说除非吴军水师撤走，否则自己将无法再保证南京太平军和江北太平军的联络畅通，而如果吴军水师再在九洑洲附近夺得一块立足地后，九洑洲太平军还有很大可能被彻底困死在岛上！
也是凑巧，梁凤超的告急使者见到李秀成时，正好李明成的告急使者也来到了李秀成的面前求援，闻知九洑洲和秣陵关两个战场同时告急的噩耗，李秀成脸色铁青了许久才做出一个艰难决定，道：“让梁凤超和傅正纲死守九洑洲！先救秣陵关！水上没指望了，只有保住秣陵关，我们的的粮草弹药才可以通过陆路补充！”