矿储量居世界第四位、镍矿储量居世界第五位、铬矿储量居世界第六位。仅目前已探明储量的矿产中，有13种金属矿和29种非金属矿。菲岛金属矿储量为7 1 亿吨，其中铜矿储量为48亿吨，占金属矿总储量的67。5%。菲岛铜矿以斑岩铜矿为主，全国各地均有分布。主要的铜矿产区在北吕宋山区的非金属矿储量为5 1 0 亿吨。金矿主要矿区在baguio， paracale， masbate， surigao和masara 。地质专家研究认为，根据菲岛的地质特点，最大和最富有的金矿床很可能蕴藏于菲律宾的错位地区。近期的金矿勘探作业已向浅层储藏区发展。菲岛镍矿总储量约为10。9 亿吨，占金属矿总储量的1 5 。 5 % 。其中，已探明储量10。2 亿吨，占镍矿总储量的9 3 。 7 2 % ， 平均品位在0 。 23%～2。47%；可期储量5630万吨，占5。17%，品位范围在0。36%～1。24%；可能储量为1210万吨，品位在0。23%～2。27%。镍矿多为高镍含量的铁矾土，大部分处在浅土层，易于开采且成本低。镍矿集中分布在davao oriental 和palawan ，储量分别为4。757亿吨（占总储量43。69%）和4。071亿吨（占总储量37。38%）。其它有较大规模镍矿藏的省还有surigao del norte和zaales。
除此之外，菲岛的岛屿虽然不少，但是大都是种植橡胶、椰树、香蕉等农作物，其海下储藏的油气资源并不是非常丰富。
而尼西群岛则是个自然资源丰富的国家，素有“热带宝岛”之称。其中矿产资源、生物资源、农业资源和旅游资源相当丰富，为国家经济的持续发展提供了有利条件。
据后世记载，尼西群岛的石油、天然气和锡的储量在世界上占有重要地位。石油储量约为1200亿桶、主要分布在苏门答腊岛、爪哇岛、加里曼丹岛、西兰岛和伊里安查雅等地。印尼还拥有巨大的天然气储量，约有123 589 兆亿立方米 (相当于206 亿桶石油），其中己探明的为24 230兆亿立方米，主产于苏门答腊的阿伦和东加里曼丹的巴达克等地。锡的储量为80万吨，主要分布于邦加和勿里洞、林加群岛的新格岛等地。煤炭已探明储量为388亿吨，主要分布在加里曼丹岛、苏门答腊岛和苏拉威西地区。煤矿多数为露天矿，开采条件很好，煤炭质量也好，每千克热量在4000-7000大卡，含硫很低，但水分略高。镰储量约为560多万吨，居世界前列。金刚石储量约为150万克拉，居亚洲前列。此外，铀、镇、铜、铭、铝矶土、锺等储量也很丰富。根据印尼能源矿产部日前的统计，印尼煤炭资源储量约为580亿吨，已探明储量193亿吨，其中54亿吨为商业可开采储量。由于还有很多地区尚未探明储量，尼西政府估计煤炭资源总储量将达900亿吨以上。
亚洲地区是尼西煤炭出口的主要目的地，占出口总量的70%以上，其次为欧洲和美洲。在亚洲地区的主要出口对象是印度、日本、中国等。尼西煤炭对中国的出口2010年达到4290万吨，已经成为中国南方部分地区的主要煤炭来源地。
粮食作物是尼西群岛种植业的基础部门。稻米是主粮。杂粮有玉米、木薯、豆类等。尼西是东南亚最大的豆类生产国，但单产较低。尼西是世界上种植面积仅次于巴西的第二大热带作物生产国。经济 作物大多在种植园种植，不但品种多，而且有的作物产量在世界上名 列前茅。尼西的胡椒、金鸡纳霜、木棉和藤的产量居世界首位。天然 橡胶、椰子产量居世界第二。产量居世界前列的还有棕榈油、咖啡、香料等。尼西是水果王国，盛产香蕉、芒果、菠萝、木瓜、榴莲、山竹等各种热带水果。
尼西群岛的森林面积为1。2亿公顷，其中永久林区1。12亿公顷，可转换林区810万公顷。尼西的森林覆盖率为67。8%。尼西盛产各种热带名贵的树种，如铁木、檀木、乌木和袖木等均驰名世界。
后世，尼西是排华问题最为严重的国家之一。