军事学院,三军本部军校,忍界五大综合忍者高等学院,五大专科忍者高等学院。
参谋部下属:参谋一司,参谋二司,参谋三司,战功统计司。
【审判院】
下属司法岛,最高法院,司法部,警政部。
最高法院下属:法巡庭,法官庭,法才庭。
司法部下属:监狱管理署,改造司,推进城海底监狱,巴尔迪哥白土监狱,以及其他中小型监狱。
警政部下属:公安司,宪警局,赏金研究署。
【宣政院】
下属宣传部,科学院,铁道部,外务部,历史研究部,万界百强战力大赛主办部。
宣传部下属:新闻署,传媒署,版权署,荣誉司,漫画司。
科学院下属:生化研究院,材料研究院,船舶研究院,炼金研究院,武器研究院,能源研究院,机械研究院,潜艇研究院,航空研究院,气象研究院,空间研究院。
铁道部下属:列车司,红土大陆甲铁城铁路系统。
外务部下属:加盟国事务司,非加盟国审核司。
历史研究部下属:学园都市奥哈拉大图书馆,历史正文处理司。
【CIPHERPOL总部】
下属CIPHERPOL-AIGIS0,CIPHERPOLNo.9-CIPHERPOLNo1,冠昊岛。
【阎罗院】
下属黄泉城,冥军总部,灵子研究院。
管辖海星冥界,卡巴内冥界,鬼灭冥界,巨人冥界,帝具冥界,零魔冥界。
【半官方组织】
御刀斋,名刀镇,阴阳寮,魔法师协会,冒险者协会,厨师协会。