民被迫开始逃亡甚至发生民变。逃亡和民变又引起因劳力缺乏而产生的水灾旱灾蝗灾。水灾蝗灾又引起农村破产。这一系列事件逐渐构成一个恶性循环，整个汉朝的根基岌岌可危。而此时的朝野上下，宦官跟士大夫正斗争得如火如荼，没有人关心那些在死亡中挣扎的农民。农民为了生存，遂逐渐集结在一个标志“黄巾”之下，希望自己决定自己的命运，能够饥饿之时有饭可吃，寒冷之时有衣可穿，风雨交加之时有一栖身之地。眼看这么基本而质朴的愿望却在汉室昏聩的统治之中逐渐化为梦幻泡影，农民遂投身到轰轰烈烈的反汉起义之中。
在黄巾标志下，张角在他的家乡巨鹿（今河北宁晋），供符咒传教。十余年后，张角的门徒达到有数十万人。
张角利用他在民众中的威望，将青、徐、幽、冀、荆、扬、兖、豫八州的信众分为三十六方；大方万余人，小方六七千人；每方设一渠帅，由他统一指挥，为大规模的起义做好了准备，意图推翻汉朝，并建立由黄巾军统治的新天下。
“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉！”
这是张角的起义口号。黄巾势大，不少宦官认为东汉政府已无前途，纷纷投诚张角，约定黄巾军到达京师之时，便打开城门，迎接张角入朝。
公元184年（甲子年），张角相约信众在3月5日以“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”为口号兴兵反汉；“苍天”是指东汉，“黄天”指的就是太平道，而且根据五德始终说的推测，汉为火德，火生土，而土为黄色，所以众信徒都头绑黄巾为记号，象征要取代腐败的东汉。张角一面派人在政府机关门上写上“甲子”二字为记认，另一方面派马元义到荆州、扬州召集数万人到邺准备，又数次到洛阳勾结宦官封胥、徐奉，想要里应外合。
可是如此庞大的组织中不可避免地会有内奸或变节分子，再严密的城墙也会有透风的地方。另一位门徒唐周，因为得不到张角的器重，又害怕起义失败而招致杀身之祸，便向东汉政府告密。
宦官们听闻此事，当即行动起来，就在光和七年（公元184年）一月，马元义被捕，被最残忍的车裂酷刑处死。根据口供的牵引，辗转杀了一千多人，并通缉张角。由于事出突然，张角被迫提前一个月在二月发难，史称黄巾起义，因为起义者头绑黄巾，所以被称为“黄巾”或“蛾贼”，张角自称“天公将军”，张宝、张梁分别为“地公将军”、“人公将军”在北方冀州一带起事。
张角仓促间下令起兵，一夜之间，百万以上的农民，掀起暴动。他们用黄巾裹头，以分别敌友。
可惜他们没有料到，这次出现的剿灭自己的汉军，并不像这个政府一样，满是沧桑，反而个个英勇善战，以一敌十。也难怪，公元184年距羌战平息，仅十五年。东汉政府用以讨伐羌部落的军队，恰好用以讨伐黄巾。那些凉州（河西走廊）部队在血腥中成长，强悍善战，特别是经过与马背上的民族羌人的战争，不仅余下来的军队人人擅长骑射马战，更有大批的羌人投入到汉军之中，为汉军的强大注入了极强的生机。没有经过训练的农民们，面对这群虎狼之师，虽然有刀枪剑戟在手，却和手无寸铁没有任何两样，坚持不久便兵败如山倒。而正在此时，张角因为其最为钟爱的弟子马元义的被杀，而伤心不已，大病之下溘然长逝，失去领导中心的黄巾军很快就被汉军瓦解。
最高领导人张角已经病死，汉左中郎将皇甫嵩在10月于广宗便和张梁战斗，张梁军犟，于首战不能攻克。第二天，皇甫嵩闭营与士兵休息，另一方面派人观察敌军举动，黄巾军战意稍为松懈，皇甫嵩便乘夜率兵，在黎明时份突袭敌阵，战至下午，成功大破敌军，斩杀张梁及三万多人，于逃走到河堤时溺死的也有五万多人，焚烧车辎三万多辆，虏获人数甚多。而张角则被破棺戮尸，运首级回京师。11月，皇甫嵩与钜鹿太守郭典攻打下曲阳，成功斩杀张宝，歼灭十多万黄巾军，黄巾之乱平息。
于是这一历史性的农民暴动，只支持了十一个月，就被分别击溃。然而，这个世界却再也不能恢复原状了。汉政权的权威遭到了严重的挑战，汉帝国的统治阶级腐朽不堪，以致没有任何途径可以解救他们；更何况黄巾起义虽被东汉朝廷镇压，但汉室威信自此遭遇严重打击，然而汉灵帝并未改观，反而继续享乐。于各地还不断发生小型叛乱，产生许多分散的势力，包括黑山、白波、黄龙、左校、青牛角、五鹿、羝根、李大目、左髭丈八、苦蝤、刘石、平汉、大洪、白绕、司隶、缘城、罗市、雷公、浮云、飞燕、白爵、杨凤、于毒等，势力大的二三万人，势力小的也有六七千人。而由张燕率领的黑山贼，甚至号称从者百万，大小骚乱不断。汉朝的一些官职制度也都遭受了毁灭性的变迁。从此，虽然有人力图改良，但都逃不过最终的一个结果：推翻汉朝，改朝换代。
特别是此时的凉州部队，在剿灭黄巾起义的过程中，将势力从西凉边境延伸到中原腹地，汉政府碌碌无为，汉军队不值一哂，使得西凉军将领开始轻视朝廷，当朝廷征召他们到洛阳担任宫廷少府时，大将之一的董卓竟然拒不接印，唯恐放弃西凉军权，此后便会垂垂等死。偏偏又遇到两个愚蠢至极的官员何进与袁绍，想利用他来胁迫何太后，从而维持汉室的统治。此种驱狼搏虎的做法，无疑是在引火自焚。公元189年，当洛阳追兵在黄河南岸小平津从宦官手中救出刘协时，董卓率领大军，适时地赶到，刘协就在凉州兵团护驾下，返回首都洛阳，是为汉献帝，从此开始了他极富传奇色彩又悲剧感十足的一生。