的电影《玩具总动员2》(Toy Story 2)上映，在美国、英国、RB等地先后打破首映周票房记录。这部迪士尼与皮克斯合作的第三部电脑动画长片的内容及人物都接续《玩具总动员》。凭借《玩具总动员2》2.45亿美元票房的佳绩，导演约翰·拉塞特与斯皮尔伯格、詹姆斯·卡梅隆等并称为好莱坞最会赚钱的十大导演。同年，《虫虫危机》获得格莱美最佳电影/电视演奏配乐奖和奥斯卡音乐喜剧类最佳配乐提名，PixarVision 获得奥斯卡技术成就奖。2000年，皮克斯搬迁至加州 Emeryville 的新办公楼。同年，《玩具总动员2》获得金球奖音乐喜剧类最佳影片奖、最佳原创歌曲；格莱美最佳电影/电视歌曲奖及最佳儿童音乐专辑奖；奥斯卡最佳原创歌曲奖。
2001年11月2日，迪士尼与皮克斯公司合作的第四部电脑动画长片《怪兽电力公司》(Monsters， Inc.)上映。10天就突破了一亿美元大关，成为影史上最快破亿的动画片，也是当时全球排名第二的高收入动画电影(仅次于1994年迪士尼的《狮子王》)。同年，执行副总裁约翰·拉塞特与皮克斯签下10年专任契约。皮克斯再次扩大编制，员工增至600名。RenderMan影像设计系统获得奥斯卡技术奖，约翰·拉萨特获得美国电影协会颁发的荣誉学位。2002年，皮克斯再获殊荣，美国制片协会为表彰其再开发新媒体及新技术方面的成就，特为其颁发Vanguard奖。2003年5月30日上映的《海底总动员》是迪士尼与皮克斯公司合作的第五部电脑动画长片。皮克斯刷新纪录的速度着实让人吃惊，在短短八天的时间内票房冲破一亿美元，刷新了《怪物公司》的票房神话。上映二周后，其票房已经高达1.43亿元，最终以3.4亿美元的全美票房打破了《狮子王》保持的3.285亿美元的动画片最高票房纪录，荣膺全美历史上最卖座的动画片。皮克斯正在挑战一个新高度，那就是不再靠物理仿真技术吸引观众，而是超越了以往电脑动画中以技术挂帅的原始阶段，回归到靠内容题材的升华和剧情的内在涵义为主旨的制作模式，将神奇的电脑技术与传统的人性理念相结合，创造出感人至深的动画故事。凭着《海底总动员》的傲人成绩，皮克斯正考虑修改与迪士尼的协议。假如负责发行的迪士尼无法满足他们的要求，皮克斯就将寻找其他合作伙伴。2004年11月5日，皮克斯继以《海底总动员》创下电影史上最卖座动画片纪录后又更上层楼，挑战以真人为主角的超高动画技术，更值得一提的是《超人总动员》是皮克斯历史上第一部“动作片”，也是皮克斯第一次电脑挑战超级英雄的故事。同年，新兴动画帝国皮克斯和老牌传统媒体帝国迪士尼之间的商业矛盾开始愈演愈烈。2003年开始，双方开始商讨续约问题，由迪士尼继续全权发行后者制作的动画，但2004年1月谈判破裂，主要原因是当时的迪士尼CEO迈克尔·伊斯纳(Michael Eisner)与乔布斯不和（前者称电脑动画做出来的人物“很可怜”，后者称迪士尼拍的续集“很丢脸”），而且价格问题也没有谈拢。2004年，乔布斯曾要求与迪士尼共享影片的所有权利，但被迪士尼拒绝。于是双方将于2006年6月上映的《汽车总动员》(Cars)后终止合作。双方分手后（尤其是在伊斯纳下台后），迪士尼一直努力恢复和皮克斯的关系。罗伯特·伊格(Robert Iger)，在2005年10月取代前任CEO伊斯纳时就宣称，复兴迪士尼的动画实力将是他的首要任务。2006年1月23日，美国第二大媒体巨头迪士尼公司董事会授权CEO罗伯特·伊格以每股59美元、总出价70亿美元的赠股方式收购皮克斯动画公司，此举花费了迪士尼13%的股票，而皮克斯的老板史蒂夫.乔布斯也因此拥有迪士尼6.05%的股票，成为迪士尼最大的个人股东。皮克斯公司5月5日召开的股东大会最终批准了以74亿美元价格的这项收购。
2006年6月9日，推迟半年多的《汽车总动员》(Cars)终于上映。该片由约翰·拉塞特和李·安克瑞奇共同执导。由于采用新的“光线跟踪”技术，使得皮克斯的影片水平更上一层楼。2007年6月29日，《料理鼠王》（Ratatouille）在美国上映，本片由曾执导《超人特攻队》的导演布拉德·伯德执导。影片上映后大受欢迎，周末3天的收入就达4720万美元，力压布鲁斯·威利斯的《虎胆龙威4》，夺得周末冠军头衔。2015年6月19日，皮克斯阔别两年动画力作《头脑特工队》上映，正面进攻劲头正猛的《侏罗纪世界》，虽然首战告负，但仍取得9044万美元的喜人成绩。
王杰对于皮克斯有着长期的规划，他知道短期内皮克斯不可能给他带来任何的经纪利益，不过他与皮克斯几个主管人员开会时郑重承诺，他不会急功近利，每年都会往公司注资不低于五百万美元，这让皮克斯上下大为放心同时也充满了干劲。
1987年十二月一日，王杰回到了香江，这次他要筹备答应林清霞的影片，王杰针对林清霞的要求，查阅了超级电脑中的影视资料后终于选出了一部在原时空的亚洲地区引起巨大轰动的电影，它就是《我的野蛮女友》。